Un nouveau complot extraterrestre vient d'être découvert par le gouvernement américain. L'agent Jay a besoin de l'agent Kay pour le déjouer. Mais l'agent Kay est devenu un simple employé des postes depuis que sa mémoire a été effacée. Jay va devoir employer les grands moyens pour convaincre Kay de redevenir un "Man in black"... Une suite moins drôle et moins "spitante" qui prépare déjà l'arrivée d'un "Men in black III"!