Ainsi l’un des thèmes de prédilection de ces animes est le rapport entre l’homme et la nature. Cette thématique (il est vrai non exclusive au cinéma nippon) s’inscrit ici dans une logique plus spirituelle et séculaire. La religion (ou philosophie) dominante au Japon est le shintoïsme, une forme dérivée de l’animisme, où l’homme n’est que l’un des éléments constitutifs d’une nature peuplée de Kamis, sorte d’esprits protéiformes. Cette conception spirituelle du monde influence fortement les mangas et, par extension, les animes qui, dès leur origine et à l’inverse des productions occidentales, ne s’adressent pas uniquement aux enfants, mais aussi aux adultes. Les esprits, considérés dans nos contrées comme fantaisistes, font partie intégrante du quotidien des Japonais, petits et grands. Leurs représentations,  animées ou non, n’apparaissent donc pas comme une vision puérile du monde mais comme une quasi évidence. Ainsi, à titre d’exemple, « Le voyage de Chihiro » revêt pour nous Occidentaux un caractère bien plus onirique et fantasque qu’il ne l’est pour un Japonais.

Nous l’avons évoqué plus haut, Homme et Nature forment un tout indissociable. L’homme n’est pas perçu comme une espèce dominante qui doit apprivoiser son environnement, mais comme l’une des pièces d’un gigantesque puzzle. Seule une profonde harmonie peut garantir le nécessaire équilibre vital du monde.

L’industrialisation galopante et les horreurs nucléaires qu’a connues l’archipel nippon conjugués aux catastrophes naturelles récurrentes (séismes, éruptions volcaniques,…) vont avoir un impact énorme sur les productions cinématographiques et animées. Qu’ils soient futuristes (« Origin, spirits of the past ») ou médiévaux (« Princesse Mononoké »), les exemples de films mettant en scène la folie des hommes à l’encontre de la Nature sont nombreux. Fidèle à la conception shintoïste du monde, celle-ci présente des caractéristiques propres, une sorte de conscience qui fait d’elle un acteur véritable des enjeux en présence. Ainsi elle sera présentée tour à tour bienveillante et protectrice (« Nausicaa de la vallée du vent ») ou hostile et vengeresse (« Princesse Mononoké »). Pour se protéger de l’urbanisation fulgurante comme dans le magnifique « Pompoko » ou « La forêt de Miyori » ou pour restaurer un monde déjà dévasté (« Nausicaa »), elle va aussi pouvoir compter sur la bienveillance et l’altruisme d’humains qui vont l’aider à rétablir un certain équilibre.

L’une des constantes des animes à tendance écologiste est de questionner aussi sur ce divorce homme/nature par le prisme de l’oubli. Souvent les humains apparaissent comme déconnectés d’un monde dont ils font pourtant partie. La culture shintoïste apporte énormément d’importance aux cycles de la vie et au temps qui passe. Bon nombre des Kamis qui peuplent les forêts sont d’ailleurs bien souvent les esprits d’ancêtres disparus. En se coupant de la Nature et de son passé, l’Homme rompt ce lien qui l’unit à son environnement. C’est pourquoi un certain nombre de films – « Nausicaa », « Princesse Mononoké », « Origin »,… – débutent d’ailleurs par l’évocation d’un temps passé, antérieur à celui, présent, où l’équilibre est rompu.

A priori plutôt pessimistes dans leur ensemble, ces réalisations posent le constat d’une civilisation beaucoup trop égocentrée et déconnectée de sa propre culture séculaire. Ainsi les desseins de Dame Nature sont souvent incompris des hommes qui n’y voient qu’une hostilité malsaine à leur égard. Pris au piège de leur mode de vie dicté par d’autres motifs que le seul bien-être, ils imputent à la Nature des raisonnements typiquement humains (la compétition, l’anéantissement de l’autre,…). Heureusement parmi les hommes il existe aussi des « intermédiaires » (Ashitaka dans « Princesse Mononoké » ou Miyori dans « La forêt de Miyori »), souvent des jeunes gens, comme une métaphore d’un futur meilleur, qui vont renouer les liens entre la Nature et les hommes.