Plusieurs années après la fin de City Hunter, une jeune tueuse à gages de 14 ans dont le nom de code est Glass Heart tente de mettre fin à ses jours en se jetant du haut d'un immeuble, ne supportant plus de semer la mort et le malheur. Elle échoue dans sa tentative, mais se retrouve empalée, le coeur transpercé. Parallèlement, Kaori, qui est sur le point de se marier avec Ryo Saeba, meurt en tentant de sauver un enfant sur le point de se faire renverser par un camion. Son coeur est intact, il est volé par l'organisation Phénix qui a engagé Glass Heart et greffé à cette dernière...

Suite de la série animée "City Hunter".

Volume 1. Episodes 1 à 4.