Duane Barry s'évade d'un asile d'aliénés et prend quatre personnes en otage. Il prétend avoir été enlevé par des extraterrestres. L'agent Fox Mulder accepte de le croire, mais sa co-équipière Dana Scully reste sceptique. Arrêté par la police, Duane Barry parvient à s'échapper à nouveau, emmenant de force Scully. Luttant pour découvrir la vérité qui se cache derrière l'enlèvement de sa partenaire, Mulder est persuadé d'une chose: le gouvernement est impliqué...