L'agent du F.B.I. Fox Mulder découvre un entrepôt militaire contenant un objet qui ne semble pas appartenir à notre monde, et ce en enquêtant sur une cassette vidéo montrant l'autopsie d'un extra-terrestre. Aurait-il découvert la preuve d'une collusion entre le gouvernement américain et des êtres d'un autre monde? Sa co-équipière Dana Scully pense qu'il s'agit d'un leurre dissimulant une affaire bien pire. Lors de l'enquête, elle se découvrira d'étranges "amies" tandis que Mulder cherche le lieu où s'est déroulée l'autopsie.

Deux épisodes de la saison 3 (1995-1996).

1.- Nisei [épisode 9].

2.- 731 [épisode 10].

Une interview d'une dizaine de minutes de Chris Carter, le créateur de la série, précède le film.