Sur Terre, en l'an 2050, les privilégiés sont immortels. Les autres sont condamnés et n'ont qu'une seule chance: prendre le train spatial Galaxy Express 999, qui les emporte vers une planète de paix. Sur le chemin de l'espace, le danger les guette: trains pirates, planètes inconnues, humanoïdes étranges. Le surnaturel est au rendez-vous.