Tom Franklin et Jim Porter, deux officiers de l'US Navy, découvrent le Nautilus échoué sur un récif de corail. Ils y pénètrent et découvrent le capitaine Nemo en état d'hibernation. Le Nautilus remorqué jusqu'à San Francisco et remis en état redonne à son capitaine l'envie de poursuivre ses recherches en vue de retrouver l'Atlantide. Les services secrets américains acceptent d'aider Nemo à condition que le Nautilus les aide à retrouver le funeste professeur Cunningham... Jules Verne à l'époque de la guerre des étoiles!