Pendant que les habitants de Zion se préparent au combat qu'ils vont devoir mener contre la terrible armée des machines pour conquérir leur liberté, Neo prend pleinement conscience de sa condition et de ses pouvoirs extraordinaires et va devoir aller là ou personne n'est encore allé, jusqu'au coeur de Machine City, pour engager un combat impitoyable contre le pouvoir suprême... La lutte finale, troisième et dernier épisode, dans une débauche d'action et d'effets visuels.