À la suite d'un violent cyclone, deux reporters explorent un site industriel dévasté et y découvrent une étrange substance qui se révèle radioactive. Elle réveille Godzilla, le monstre né des essais atomiques. Dans le même temps, deux fées veulent récupérer l'oeuf géant trouvé par des pêcheurs pour le rendre à leur dieu, la mite géante Mothra qui règne sur une île autrefois luxuriante et aujourd'hui dévastée. Godzilla et Mothra vont s'affronter dans un combat titanesque... Un plaidoyer contre le nucléaire et pour un monde meilleur.