Tirée du film éponyme de Roland Emmerich, la série relate la suite des événements survenus dans le long métrage. Un an après, la porte des étoiles s'ouvre de nouveau et provoque une attaque extraterrestre. Inquiète, l'armée réunit pour la seconde fois le colonel Jack O'Neill et le scientifique Daniel Jackson. Aidés de Teal'c et de la jeune Capitaine Carter, ils luttent ensemble contre les Goa'uld, des extraterrestres qui veulent conquérir le monde. Les créateurs de la série réinventent ainsi un univers de science fiction, à la fois fantastique et réaliste.

O'Neill est enlevé par le Asgard et emmené sur un vaisseau chargé de petites créatures semblables à des insectes métalliques. Ces "replicators" sont destinés à détruire la Terre...