Aeon Flux se déroule 400 ans dans le futur, alors qu'une maladie industrielle a balayé la majorité de la population de la terre, à l'exception d'une cité-état, Bregna, protégée par une enceinte et dirigée par un congrès de scientifiques. L'histoire est centrée sur Aeon Flux, un super agent de la rébellion clandestine des " Monicans ". Aeon sert fidèlement les Monicans afin de renverser les Breens, mais des adversaires mortels l'attendent à chaque tournant et sa loyauté est sévèrement mise à l'épreuve par de puissantes tentations.