Le joueur prendra la tête d'un groupe de chasseurs de primes qui se lancent à la poursuite d'un mystérieux bandit. Le scénario leur fera parcourir une grande partie du sud-ouest des Etats-Unis, et ils traverseront des endroits aussi diversifiés que des bourgades de la frontière mexicaine, des canyons poussiéreux, des pueblos en ruine ainsi qu'une prison quasi imprenable.

Desperados reprend tous les ingrédients qui ont fait le succès de "Commandos" (SY3055) mais en les transposant au temps du Far-West. Les six héros du jeu devront résoudre les énigmes proposées par les quelques vingt-cinq missions.