Sur la surface désertique de la planète Arrakis (Dune), deux groupes rivaux, les Atréides et les maléfiques Harkonnen, s'affrontent pour prendre le contrôle de la ressource la plus prisée de la galaxie, l'Epice. Cette substance miraculeuse est censée assurer longévité et puissance à tous ceux qui la consomment. A la suite d'un massacre sanglant organisé par le Baron Harkonnen, les Atréides sont pratiquement anéantis; seuls Paul Atréides, l'héritier du trône, et sa mère Jessica ont eu la vie sauve. Le joueur incarne Paul et doit rejoindre une mystérieuse tribu nomade du nom de Fremen pour accomplir plusieurs missions périlleuses visant à déstabiliser le régime brutal des Harkonnen.