Jak est de retour. Le héros aux longues oreilles et son compagnon à fourrure Daxter reviennent pour de nouvelles aventures futuristes. Reprenant l'histoire à la fin du premier volet, les deux comparses se retrouvent nez à nez avec un portail spatio-temporel. Jak est arrêté par les hommes de main vêtus de rouge du mystérieux Baron Praxis, laissant Daxter aux abois. Deux ans plus tard, Jak est enfin sauvé par son compagnon un peu lent, et le duo part en quête de justice et d'un chemin de retour vers leur époque.