Spider-Man, Wolverine, La chose et Elektra, tout ce beau monde issu des planches de la Marvel, affronte Niles Van Roekel, un scientifique extraterrestre sur le point de créer une armée de puissants guerriers. Le joueur va prendre le contrôle d'une pléthore de super-héros du monde de la Marvel et se battre contre un nouveau groupe d'ennemis super puissants, les Imparfaits.