Un homme seul s'infiltre sur l'île. Il se nomme " Snake ". Son supérieur pour cette mission : un agent du FBI. Son objectif : mener une enquête secrète sur SL Inc. Au premier coup d'oeil, il semble s'agir d'une opération toute simple, une opération qui aurait dû se dérouler sans problème. Mais au moment où Snake s'apprête à partir après avoir accompli sa mission, une alarme retentit dans les locaux de l'armurerie. L'armée s'en mêle. Les forces de sécurité de SL Inc. Ont leur propre programme. Et un Metal Gear a été actionné. C'était censé être une opération toute simple. Mais aujourd'hui, Snake doit remplir sa mission la plus difficile...