Après la découverte d'une carte conduisant à La Planète au Trésor (la dernière demeure du légendaire "butin des mille mondes" amassé par Flint, le pirate de l'espace), Jim et son fidèle compagnon, le Dr Doppler, décident de s'emparer du magot. Les choses ne s'annoncent toutefois guère aisées, car d'autres pirates sanguinaires, parmi lesquels John Silver, ont eu vent de cette mystérieuse planète et de ses trésors. Le joueur, dans la peau du jeune Jim, a pour mission de débarquer le premier sur la planète et de rafler le butin avant qu'il ne soit trop tard.