Nouveau volet du jeu d'action et de stratégie dans le monde de Tom Clancy. Le joueur incarne Sam Fisher, le meilleur agent d'une entité secrète de la NSA, dernier recours du gouvernement dans la lutte contre le terrorisme, engagé, pour cette épisode, dans la guerre contre un dangereux réseau terroriste indonésien. Il va pénétrer dans l'univers de l'espionnage international, infiltrer les réseaux de l'ombre, et mener à bien des missions directement inspirées des romans de Clancy.